Chegou à "cidade mártir" na tarde do dia 12, poucas horas depois da polícia ter descoberto uma grande carga de explosivos no trajecto por onde haveria de passar. Todos os sinos da capital tocaram para saudar a chegada do sucessor de S. Pedro.

Ao descer do avião, o Papa beijou uma amostra do solo bósnio, apresentado por dois jovens e foi saudado pelos presidentes croata e muçulmanom, pois o sérvio faltou. O Presidente Izetbegovic que enalteceu este acto de coragem do Papa dizendo que desde que começou a guerra, todos têm estado atentos ao apelo do Papa. Falando em croata, o Papa, fmanifestou o desejo de que consigam a paz, de modo que «a guerra não regresse e o ódio desapareça». E acrescentou que, acima de tudo, é preciso cuidar da «reconstrução espiritual das mentes e dos corações, que a fúria devastadora da guerra muitas vezes destruiu e tavez tenha compriometido para sempre».

O cortejo seguiu depois para a Catedral, tendo o Papa sido acompanhado pelo bispo Vinko Puljic. Na Catedral do Sagrado Coração, o Papa convidou as diferentes comunidades da Bósnia a fazerem um exame de consciência, «não apenas sobre o que fizeram mas sobre as energias que estão dispostos a dispender para construir a paz». E acrescentou que «é preciso dizer alto e bom som: guerra nunca mais!» e reconhecer «o primado dos valores étnicos, morais e espirituais, defendendo o direito de todos os homens a viverem em serenidade e na concórdia, condenando todas as formas de intolerância e perseguição, enraizadas nas ideologias que retiram à pessoa a sua dignidade inviolável».

Aos padres que durante o triste período do conflito se bateram para abrir os caminhos da paz, apesar dos sofrimentos e dos riscos, o Papa disse que «escreveram páginas de autêntico heroísmo e isso não será esquecido». E aconselhou-os a não desistirem.

«No domingo, dia 13, João Paulo II presidiu à Eucaristia no estádio Kosevo da Bósnia, tendo participado mais de 40 mil fiéis, que o acolheram cheios de alegria, apesar do vento, neve e frio, que se fizeram sentir durante as quase três horas da celebração que se concluiu com uma verdadeira tempestade branca. No fim, o governador de Sarajevo entregou a João Paulo II as chaves da cidade.

No encontro que teve com os bispos, João Paulo II pediu-lhes que denunciem «as violências e injustiças, sem se deixarem atemorizar por nenhum poder terreno», ainda que alguns ameacem a Igreja com a extinção.

João Paulo II encontrou-se ainda com líderes religiosos muçulmanos, hebreus e ortodoxos e entregou o Prémio Internacional da Paz João XXIII a quatro organizações humanitárias que, durante a guerra, se distinguiram pela sua ajuda desinteressada às vítimas da violência.

Antes de partir, ao fim da tarde de Domingo, o Papa renovou o seu apelo à construção da paz: «Nunca mais a guerra!». E concluiu: «Encontrei um povo corajoso e firme e estou convencido de que querem reconstruir uma sociedade baseada na paz, na justiça e na cooperação, apesar de todas as dificuldades que subsistem». E «encontrei igualmente uma Igreja viva, ... empenhada em trabalhar para a paz no respeito pelos outros, pelas suas ideias e os seus sentimentos». Por isso, «quero assegurar-vos que vos levo no meu coração e vos agradeço o acolhimento que me dispensastes».